Si tratta della più grande basilica gotica della città.
La basilica con l'annesso complesso monastico sono conosciuti anche come monastero di Santa Chiara, è un edificio di culto edificato tra il 1310 e il 1340, su un complesso termale romano del I secolo d.C., per volere di Roberto d'Angiò e della regina Sancha d'Aragona, nei pressi della cinta muraria occidentale, a Napoli.
La basilica si trova in piazza del Gesù Nuovo di fronte alla chiesa del Gesù e faceva parte del convento anche l'adiacente complesso delle Clarisse, oggi luogo di culto a sé.
Nella basilica di Santa Chiara, il 14 agosto 1571, vennero solennemente consegnate a don Giovanni d'Austria, il vessillo pontificio di Papa Pio V ed il bastone del comando della coalizione cristiana prima della partenza della flotta della Lega Santa per la battaglia di Lepanto contro i Turchi Ottomani.
Tra il 1742 e il 1796 venne ampiamente ristrutturata in forme barocche da Domenico Antonio Vaccaro e Gaetano Buonocore. Gli interni furono abbelliti con opere di Francesco de Mura, Sebastiano Conca e Giuseppe Bonito; mentre Ferdinando Fuga eseguì il pavimento decorato.
Il 4 agosto 1943 durante la seconda guerra mondiale un bombardamento provocò un incendio durato quasi due giorni che distrusse l'interno della chiesa quasi interamente, perdendo così tutti gli affreschi eseguiti nel XVIII secolo. Nell’ottobre 1944 Padre Gaudenzio Dell'Aja fu nominato "rappresentante dell'Ordine dei Frati Minori per i lavori di ricostruzione della basilica", alla cui ricostruzione partecipò in prima persona. In seguito, i massicci e discussi lavori di ristrutturazione riportarono la basilica all'aspetto originario trecentesco omettendo in questo modo il ripristino delle aggiunte settecentesche. I lavori terminarono definitivamente nel 1953 e la chiesa fu riaperta al